A kezdeményezés közvetlen előzménye Németh András, az ELTE TFK Neveléstudományi Tanszékének akkori vezetője által vezetett egyetemi reformpedagógiai speciálkollégium volt, melynek résztvevői az ott folyó munka hatására egy egyesület alapítása mellett döntöttek. Ennek megalapozásához az akkori ELTE Tanárképző Kar Neveléstudományi Tanszékén a Jenaplanról szóló előadássorozatot szerveztek. Ennek egyik előadója, Prof. Dr. Theodor Klassen, a Jenaplan elméletének abban az időben legnevesebb német szakértője, a gießeni Justus-Liebig-Tudományegyetem Jenaplan Kutatóhelyének vezetője volt. A német professzor az egyesület alapításában is tevékeny szerepet vállalt, akit az alapítók közfelkiáltással tiszteletbeli elnökké választották. Az egyesület első elnöke, majd 2003-tól tiszteletbeli elnöke Németh András lett, akitől ebben az évben Kopp Erika vette át annak vezetését.
Az egyesület már működésének korai időszakában számos eredményt ért el. Jelentős mértékben nőtt taglétszáma, vidéki tagcsoportjai jöttek létre, bővültek hazai és nemzetközi kapcsolatai (pl. több holland és német országos testvérszervezettel). Tagjai emellett önkéntesként részt vállaltak több ebben az időben kibontakozó budapesti és vidéki iskolai reformkezdeményezés patronálásában, szakmai tanácsadásukkal elsősorban nem az elitiskolák, hanem a főváros peremkerületeiben (pl. IX. kerület) és a vidék hátrányos régióiban tevékenykedő (pl. Kecskemét környéki tanyavilág, dunántúli kistelepülések stb.) iskoláknak igyekeztek segítséget nyújtani.
A rendszeresen tartott egyesületi összejövetelek mellett a fejlesztő munka gyakorlati és elméleti megalapozására az egyesület tagjainak rendszeres továbbképzéseket, tanfolyamokat és tanulmányutakat is szervezett, 1996 szeptemberében a német társszervezet meghívására az egyesület öt tagja Jénában egy hetes nemzetközi konferencián és tapasztalatcserén vett részt. Már 1995. májusában megtörtént a kapcsolatfelvétel a holland Jenaplan Egyesülettel, majd 1996 márciusában ismét Klaßen és Skiera professzor tartott tagjaink egy hetes továbbképző szemináriumot, április végén Prof. Dr. Evert Blaauwendraat, a hollandiai Hogeschool de Driestar (Gouda) a hollandiai Jenaplan-mozgalom bemutatására szolgáló előadása vonzott számos érdeklődőt.
Az egyesület a szülőkkel, gyakorló pedagógusokkal, az iskolaügy és tanügyigazgatás szakmai szervezeteivel kialakított szakmai kapcsolatok kialakítására törekedett. Ezt a törekvést jól példázza az 1996. januárjában a IX. kerület pedagógusai, iskolavezetői részére a Lenhossék utcai általános iskolával közösen szervezett továbbképző tanfolyam, amelyen mintegy 120 pedagógus vett részt. Az egyesület szoros kapcsolatban állt az ELTE Tanárképző Karának Neveléstudományi Tanszékével, a tanszék biztosítja az egyesületi összejövetelek, továbbképzések helyszínét. A tanszékén 1991 óta folytak reformpedagógiai kutatások, majd ezekkel párhuzamosan megtörténtek az első lépések a Jenaplan-pedagógia hazai adaptációjára, az ennek szellemében megvalósuló iskolai gyakorlat kialakítására. A tanszék munkatársainak jelentős szerepük volt az egyesület megalapításában, számottevő szakmai támogatást nyújtottak az első hazai – a Jenaplan koncepciót követő – belső iskolafejlesztésre irányuló reformkezdeményezések, illetve modelliskolák (Budapest IX. Lenhossék utcai iskola, Nagykörös, Zsámbék, Perbál, Keszthely, később Eger) kialakításához.
Ezzel párhuzamosan a tanszék és az egyesület közreműködésével 1996 januárjában elkezdődött a Budapesti Montessori Társasággal közös 2 éves posztgraduális Montessori továbbképző tanfolyam is, melynek hallgatói leginkább a hazai Montessori intézmények munkatársai közül kerültek ki. A képzés iránti igényt jól tükrözi, hogy az 1997 szeptemberében újabb két éves továbbképzés indult, majd 1998-ban megalapításra került a mai napig működő hivatalos szakirányú továbbképzési szak.